Stację Wielisław Dolny (nazwa powojenna, tymczasowa), obecnie Kłodzko Zagórze (w km 2,885 od podg. Kłodzko Nowe, w km 6,933 od Kłodzka Głównego), uruchomiono wraz z otwarciem odcinka do Szczytnej 15.12.1890 r. Stacja była modernizowana, jak również rozbudowano jej układ torowy dla ekspedycji produktów rolnych z urodzajnych gospodarstw Wielisławia, Szalejowa, Zagórza.
Nazwa stacji Stary Wielisław Dolny pojawiła się od 13.03.1947 r., po urzędowym nadaniu takiej nazwy dla d. Nieder Altwilmsdorf (wieś wchodząca w skład miasta Kłodzko, podobnie jak Książek). Kolejnej zmiany na Kłodzko Zagórze dokonano w latach 80. XX wieku.
Na stacji znajdował się ceglany budynek dworca wraz z nastawnią, magazyn towarowy, rampa załadunkowa oraz waga. W budynku dworca znajdowała się kasa, poczekalnia i mieszkania obsługi stacji. Obecnie budynek stacyjny nie służy obsłudze podróżnych. Stacja posiadała dwa tory z peronami jednoskrajniowymi, oraz dwa ślepe tory w części towarowej, z których jeden zdemontowano na wiosnę 2007 r. Ostał się tylko jeden tor przy drugim peronie, jednak jest od wielu lat nieużytkowany, stąd ładownia Kłodzko Zagórze jest ładownią tylko formalnie.
Od 9 czerwca 2013 roku, po ponad trzech latach przerwy przywrócono ruch pasażerski na odcinku Kłodzko - Polanica-Zdrój. Cała linia 309 z Kłodzka do Kudowy-Zdrój ma być wyremontowana do końca tego roku.